Boost のほとんどはヘッダファイルだけで動きますが、一部のライブラリはあらかじめビルドしておかなければなりません。
Windows だと x86 と x64 の両方ビルドしたいこともあって、私なりに共存策を探ってみました。Boost 1.46.1 で実行、確認した方法です。 コンパイラは Visual Studio 2010 を利用しました。
C:\usr\local\boost_1_46_1>bootstrap #略 C:\usr\local\boost_1_46_1>bjam --build-dir=build\x86 --stagedir=stage\x86 address-model=32 -j 2 # 略 C:\usr\local\boost_1_46_1>bjam --build-dir=build\x64 --stagedir=stage\x64 address-model=64 -j 2 # 略
こうすると、c:\usr\local\boost_1_46_1\stage\x86\lib に 32bit バイナリが、c:\usr\local\boost_1_46_1\stage\x64\lib に 64bit バイナリができあがります。build ディレクトリは中間ファイルが入っているだけですので、消してもかまいません。
ヘッダファイルは共通ですので、c:\usr\local\boost_1_46_1 をインクルードパスに指定しておけば、32bit と 64bit 両方から利用できます。以上自分用のメモもかねてまとめてみました。